Ciudadanos comenzó en noviembre y diciembre de 2007, respectivamente, dos procesos simultáneos para las elecciones generales del 9 de marzo de 2008: la elaboración de su programa electoral y la elección de sus candidatos. Para la elección de candidatos se estableció un sistema de elecciones primarias para cada circunscripción. La aprobación de tal ideario acabó provocando la baja del partido de gran parte de los militantes situados ideológicamente más a la derecha o contrarios a alinearse en el eje izquierda-derecha, así como la mayor parte de los miembros de la lista derrotada en la elección para el Comité Ejecutivo, encabezada por el profesor de ciencias políticas de la Universidad de Barcelona Luis Bouza-Brey, camiseta barça que solo alcanzó uno de los 20 puestos en disputa.