Por un lado, logró una goleada histórica en la Copa de la UEFA al ganar por 1-7 al Standard Lieja, cayendo después eliminado en dieciseisavos ante el Austria de Viena. Y en la Copa del Rey volvió a llegar hasta semifinales, cayendo de forma dolorosa en los penaltis ante el Real Betis, que posteriormente se proclamó campeón. Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club.